Małgorzata Księżopolska jest feministką, działaczką społeczną, od blisko 40 lat zaangażowaną w działania na rzecz praw kobiet, zdrowia reprodukcyjnego oraz równości płci. Jest członkinią założycielką Stowarzyszenie PRO FEMINA (1989). W 1991 roku była współzałożycielką FEDERACJI na RZECZ KOBIET i PLANOWANIA RODZINY; początkowo pełniła funkcję wiceprzewodniczącej, a od 2011 roku przewodniczącej Zarządu Federacji. Jest inicjatorką i jedną z fundatorek Fundacji FEDERA (2021), w której obecnie przewodniczy Radzie Fundacji. Była członkinią stowarzyszenia SKOP-Pekin1995 (brała udział w organizowanej pod egidą ONZ Konferencji w Pekinie – wrzesień 1995). Od 1997 roku należy do Stowarzyszenia Koalicja KARAT.
Swoje kompetencje rozwijała podczas międzynarodowych szkoleń i staży, m.in. w programie UNDP poświęconym przywództwu i procesom demokratyzacji. Uczestniczyła w specjalistycznych szkoleniach w Szwajcarii i Francji z zakresu standardów etycznych w medycynie, organizacji opieki zdrowotnej – ze szczególnym uwzględnieniem ginekologii i położnictwa – obejmujących tematykę antykoncepcji, ciąży, porodu, aborcji oraz HIV/AIDS, a także w zakresie organizacji i standardów pomocy psychologicznej dla młodzieży i kobiet, w tym telefonów zaufania. Jest osobą zaufania publicznego.
